Lékaři Kliniky nefrologie se aktivně účastní řady vědecko-výzkumných projektů, publikují v mezinárodních časopisech a přednáší na domácích a zahraničních konferencích. Klinika úzce spolupracuje s transplantační laboratoří, se kterou je personálně propojená, a s dalšími odděleními Centra experimentální medicíny IKEM.
Kromě toho spolupracuje s ostatními výzkumnými týmy z Univerzity Karlovy a České akademie věd. Rozvíjí mezinárodní spolupráci ve výzkumu s evropskými laboratořemi.