Odběr orgánů může být proveden až po potvrzení smrti mozku. To je provedeno na specializovaném pracovišti zobrazovacích metod v nemocnici, kde se potencionální dárce vyskytuje. Po domluvě s transplantcentrem je do této nemocnice vyslán odběrový tým složený z lékařů, sester a koordinátora. Do samotného odběru orgánů je potenciální dárce stále napojen na umělou plicní ventilaci, případně na další podpůrné přístroje. Rodině a blízkým je umožněno se s pacientem důstojně rozloučit a následně je odběr proveden na operačním sále v dané nemocnici.
Po odběru orgánů následuje zákonem stanovená pitva a po domluvě s pohřební službou je tělo dárce převezeno do místa pohřbu.