Každá instituce musí mít představu o tom, proč a za jakým účelem funguje a na základě toho definovat své poslání. Poslání určuje charakter instituce a prezentuje smysl její existence, určuje hodnoty, které jsou uznávány, hlavní úkoly a její vztahy k ostatním subjektům.
Schopnost instituce fungovat a soutěžit v současném, neustále se měnícím prostředí vyžaduje vysoce komplexní a velice kvalitní řízení a znalosti. V prostředí státní příspěvkové organizace je dána poměrně velká regulační funkce státu v ekonomické, finanční i kontrolní oblasti.
Základními právní předpisy, které nejvíce ovlivňují běžný chod IKEM, jako státní příspěvkové organizace, jsou:
- zákon č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla);
- zákon č. 219/2000 Sb., o majetku České republiky a jejím vystupování v právních vztazích;
- zákon č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů (zákon o finanční kontrole) a jeho prováděcí Vyhláška č. 416/2004 Sb.;
- zákon č. 563/1991 Sb., o účetnictví a jeho prováděcí Vyhláška č. 410/2009 Sb.
- veškeré daňové zákony (DPH, daně z příjmů apod.)
- zákon č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek
- zákon č. 340/2015 Sb., o zvláštních podmínkách účinnosti některých smluv, uveřejňování těchto smluv a o registru smluv (zákon o registru smluv)
Financování zdravotnictví má svou specifickou problematiku. Základním dokumentem je každoroční úhradová vyhláška, tzn. Vyhláška Ministerstva zdravotnictví o stanovení hodnot bodu, výše úhrad hrazených služeb a regulačních omezení pro příslušný kalendářní rok, která je vydávána v souladu se zákonem č. 48/1997 Sb., o veřejném zdravotním pojištění.
Základním řídícím finančním dokumentem je sestavený rozpočet nákladů a výnosů na příslušný kalendářní rok, který je sestavován v souladu se zákonem č. 218/2000 Sb., rozpočtová pravidla. Státní příspěvková organizace je současně povinna dbát, aby plnila určené úkoly nejhospodárnějším způsobem a dodržela stanovené finanční vztahy ke státnímu rozpočtu. Peněžní prostředky, kterými disponuje, může používat jen k účelům, na které jsou určeny a v běžném roce nesmí překračovat její rozpočet. Veškeré bankovní účty jsou vedeny u České národní banky.
Veškerý majetek, se kterým státní příspěvková organizace hospodaří, musí být využíván účelově a hospodárně k plnění její funkce a k výkonu stanovených činností. Veškeré finanční a majetkové operace musí být prováděny v souladu s právními předpisy a musí být zajištěno dosažení optimálního vztahu mezi její hospodárností, účelností a efektivností. Použité veřejné finanční prostředky musí zajistit optimální míru dosažení cílů při plnění stanovených úkolů.