Odbor interního auditu a kontroly je poradním a konzultačním útvarem, který vedení Institutu, v souladu s právními předpisy v oblasti řízení a kontroly veřejných financí a v souladu s mezinárodními standardy interního auditu, poskytuje informace ke stavu a nastavení řídících a kontrolních procesů a správy v Institutu.
Cílem interního auditu je optimalizovat fungování, zvýšit efektivitu a zlepšit komunikaci uvnitř Institutu, a to prostřednictvím nezávislého a objektivního zjišťování a hodnocení zpravidla systémů a procesů.
Předmětem činnosti Odboru interního auditu je zejména analýza procesů a rizik, posuzování účinnosti vnitřního kontrolního systému, prověřování plnění úkolů, záměrů a cílů Institutu, formulování zjištění a navrhování případných systémových opatření k nápravě nežádoucího stavu a eliminaci rizik. Předmětem činnosti odboru interního auditu je dále konzultační a poradenská činnost.
Odbor interního auditu a kontroly se člení na následující organizační útvary:


















