Oddělení klinické mikrobiologie provádí mikrobiologická vyšetření pro odborná pracoviště IKEM a pro další zdravotnická zařízení, vyšetření pacientů po orgánových transplantacích, poskytuje konsiliární služby v odbornosti mikrobiologie, navrhuje a realizuje zavádění nových diagnostických metod.
OKM je zapojeno do systému kontroly kvality EHK (SZÚ Praha, NEQAS, EARS-Net EQA).
Pracovníci OKM jsou členy Lékové komise IKEM a Týmu pro kontrolu infekcí IKEM.
OKM splnilo podmínky pro akreditaci zdravotnických laboratoří dle normy ISO 15189.