Výzkumné projekty jsou zaměřeny zejména na transplantační problematiku a zabývají se jak úlohou buněk přirozené imunity (makrofágy, epiteliální buňky) tak i adaptivní imunity (B a T lymfocyty) v reakcích proti transplantátu. Kromě monitorování subpopulací monocytů, B a T lymfocytů či T regulačních buněk pomocí průtokové cytometrie je u pacientů vyšetřován i chemokinový profil a detekovány některé další molekuly regulující imunitní reakce. Ke studiu cytokinových interakcí jsou využívány in vitro modely kultivací lidských myeloidních a epiteliálních linií i primárních buněk. Kromě dominující spolupráce s klinikou nefrologie transplantcentra a dalšími řešitelskými týmy v IKEM jsou imunologické laboratoře zapojeny i do projektů řešených s externími výzkumnými skupinami. Spolu s týmem z Mikrobiologického ústavu AVČR jsou testovány nové látky manumycinového typu s potenciálními imunomodulačními účinky, při studiu transplantační tolerance spolupracujeme s laboratořemi Ústavu experimentální medicíny AVČR, úspěšná je též spolupráce s plicní klinikou Thomayerovy nemocnice v oblasti cytokinů regulujících fibrogenezu u intersticiálních plicních procesů. Problematika interakcí makrofágů s epiteliálními buňkami je dlouhodobě řešena ve spolupráci s laboratoří prof. Stephena Rennarda (University of Nebraska Medical Center, Omaha, USA).
